W 1797 roku Jędrzej Śniadecki obejmuje katedrę chemii w Akademii Wileńskiej. W okresie swej pracy pedagogicznej umiał sobie pozyskać serca słuchaczy, dbał o ich dobro, starał się ułatwić i uprzystępnić im naukę.

Walczył o dogodny lokal na laboratorium, o jego wyposażenie. Jego pracownia chemiczna była zaopatrzona w nowoczesne jak na owe czasy przyrządy: wagi analityczne, piece, termometry, tygle i inne naczynia oraz w odczynniki chemiczne w liczbie około dwóch tysięcy, z których wiele sam spreparował. Sprowadzał z zagranicy książki i przyrządy chemiczne, przeznaczając na to nie tylko fundusze uniwersyteckie, ale często i swoje osobiste. Troszczył się o dostarczenie młodzież podręcznika, który byłby pomocą w nauce.

Pierwsze wydanie opracowanego przez niego podręcznika "Początki chemii" wyszło w 1800 roku. Pisząc to dzieło autor miał na celu dobro i wygodę uczniów, pragnął im ułatwić naukę i zachęcić do niej. Liczył się z tym, że wielu słuchaczy nie zna odpowiednio języków obcych oraz że nie może sobie pozwolić na sprowadzanie dzieł z zagranicy. Początki chemii są pracą zupełnie oryginalną. Oczywiście jak każdy podręcznik, jest to dzieło kompilacyjne, zbiorcze, lecz układ i treść są indywidualnie podane przez Śniadeckiego.

Co się tyczy układu tego dzieła i porządku traktowanych materyj, nie zdało mi się żadnego z nowszych pisarzów ściśle się w tej mierze trzymać, których nawet zdania czestokroć własnym mniemaniem zastąpić za rzecz przyzwoitą osadziłem.

Książka ta oddaje doskonały obraz wiedzy chemicznej swego okresu. Cechą bardziej jeszcze podnoszącą zalety tego dzieła jest piękny język, jasność w precyzowaniu poglądów, systematyczność w wyłożeniu materiału. Każde następne wydanie "Początków chemii" w roku 1807 i 1816-1817 było uzupełniane i zawierało wiadomości o nowych zdobyczach chemii.

Bardzo ciekawą pracą Jędrzeja Śniadeckiego z dziedziny chemii była rozprawa ogłoszona w 1808 roku "O nowym metalu w surowej platynie odkrytym" będąca sprawozdaniem z badań uwieńczonych odkryciem nowego pierwiastka w rudzie platynowej - "westu". W latach 1815 - 1822 Jędrzej Śniadecki opublikował kolejną rozprawę z dziedziny chemii "O żelazie meteorycznym rzeczyckim". Była to praca naukowa o analizie chemicznej meteorytu, jaki spadł w 1810 roku w ówczesnym powiecie rzeczyckim. 

Studenci darzyli swego profesora gorącą sympatia i szacunkiem o czym świadczą wspomnienia jego uczniów:

Z dziennika Teodora Krasińskiego - ucznia Jędrzeja Śniadeckiego - 1816 rok:

... Po skończonej lekcji fizyki poszliśmy wszyscy na chemię do oddzielnego opodal zabudowania, gdzie był profesorem, ów sławny tylu przedziwnymi pismami swymi, znakomity chemik Jędrzej Śniadecki. Miłą jest rzeczą czytać dzieło jego, cóż dopiero słyszeć go osobiście tłumaczącego się z cudowną płynnością i łatwością tak dalece, iż wdziękiem mowy swej zachwyca, iż tak powiem, słuchaczów przytomnych - widząc go robiącego z niepojętą zręcznością najtrudniejsze doświadczenia chemiczne?

o wykładzie Jędrzeja Śniadeckiego - jego uczeń Teodor Krasiński

Z pamiętników Ottona Śliźnia - ucznia Jędrzeja Śniadeckiego - 1821 rok:

Lecz co to za miły był profesor nasz, znamienity Andrzej Śniadecki. Jak czarujący był wykład jego chemii, co za słodki sposób wysławiania się. Sala chemiczna była duża, okrągła, w krąg ławkami w amfiteatr ustawiona. Liczna publika od dołu coraz wyżej pod same ściany zapełniała salę. U dołu za długim stołem, zastawionym różnymi przyrządami chemicznymi, zasiadał przed książką i kajetem poważny białowłosy starzec, wykwintny czyścioch ze słodkim wyrazem twarzy, w uśmiechu i wzroku przebijała wesołość i odcień dowcipnej ironii. W ogólności, cała jego osobistość ze swoim nawet dużym, na bok skrzywionym nosem była wielce sympatyczna. W licznym tłumie słuchaczów nie słychać było najmniejszego szmeru. Wszystkich oczy i uszy z natężoną uwagą zwrócone były na siedzącą u dołu profesorską godność. Ten zdawał się półszeptem przemawiać, a każdy jego wyraz z miłym brzmieniem do najodleglejszego ucha wyraźnie wpadał. Głęboką znajomością i zamiłowaniem swego przedmiotu umiał pociągnąć uwagą i wzbudzić w słuchaczach upodobanie do wykładanej przez siebie nauki. Nieraz wychodziło się na lekcje z zimną obojętnością albo nawet niechęcią, a wnet za pojawieniem się Śniadeckiego, za pierwszym posłyszeniem jego przytłumionego głosu obojętność i niechęć znikały, przejmowało się coraz żywszym interesem, a po upływie godziny żal się uczuwał, ze się lekcja skończyła, tak by się chciało jeszcze dłużej cichy ten organ mowy uczonego starca słyszeć.

Ze wspomnień A. Andrzejewskiego

...wyprosiłem sobie u p. Śniadeckiego pozwolenie bywania na jego prelekcjach chemii (...), a tak czternastoletni dziecina, prawie bez żadnych poprzednich przygotowań, z własnej chęci słuchałem ważnych przedmiotów i nie bez korzyści, bom je pojmował, bo łatwe, jasne i wymowne tłumaczenie się profesora Śniadeckiego każdemu kto chciał korzystać, ułatwiało naukę.